Agropur possède 11 usines au Québec (Amqui, Beauceville, Bon-Conseil, Granby, Oka, Plessisville, Québec, Saint-Bruno, Saint-Hyacinthe et Saint-Laurent), elle compte également 6 entrepôts principaux (Baie-Comeau, Montréal, Rimouski, Sainte-Thérèse, Sherbrooke et Trois-Rivières). S’ajoute à cette liste le siège social et un bureau administratif divisionnaire à Longueuil ainsi que des bureaux administratifs à Saint-Hubert et Granby.